La historia de Kannagi empieza cuando Jin Mikuriya, un estudiante de arte, talla una estatua de la madera de una Ć”rbol sagrado y, de repente, la estatua cobra vida. Resulta que el Ć”rbol estaba poseĆdo por una diosa guardiana, que ahora se ha encarnado en la estatua. La diosa, Nagi, se enfada muchĆsimo cuando descubre que su Ć”rbol sagrado ha sido cortado debido a reformas urbanĆsticas y se entristece mucho pensando que ya no podrĆ” proteger a la gente de la tierra que guardaba.